Vatten har forsat in i kyrkor, butiker och bostäder och orsakat skador som enligt stadens borgmästare kan komma att kosta miljardbelopp. Situationen har hittills fått regeringen att avsätta 20 miljoner euro, drygt 210 miljoner kronor, för att hantera den mest akuta förödelsen.
Vattennivåerna väntas nå en och en halv meter över normala nivåer under fredagen. Det är lägre än tisdagens topp då vattnet steg till 187 centimeter, den högsta nivån på över 50 år, och runt 80 procent av staden stod under vatten. Men det kan fortfarande orsaka stora problem.
På fredagen stängdes den världsberömda turistmagneten Markusplatsen.
- Jag är tvingad att stänga torget för att undvika hälsorisker för medborgare... en katastrof, säger Venedigs borgmästare Luigi Brugnaro.
Trots den allvarliga situationen har turister, innan Markusplatsen stängdes av, setts vada runt på torget och leende ta selfies i färgglada gummistövlar.
- Det här är faktiskt en intressant upplevelse, ett äventyr, säger ett bröllopspar på besök från Hongkong.
En del noterar dock den svåra situationen för lokalborna.
- För turisterna är detta fantastiskt, det är någonting att se. Men för människorna som bor här är det ett riktigt problem, säger en 28-årig kvinna från Österrike.
Många, däribland Luigi Brugnaro, har pekat på den globala uppvärmningen som en orsak till katastrofen.
- Vi måste vara motståndskraftiga och anpassa oss. Vi behöver politik som ser på klimatet med helt andra ögon, sade klimatminister Sergio Costa på torsdagen.